9月5日，國家防總進行防汛防臺風專題會商調度，組織自然資源部、住房城鄉建設部、交通運輸部、水利部、農業農村部、中國氣象局、國家能源局等部門，分析臺風“摩羯”發展變化，研判臺風帶來的暴雨、大風、風暴潮、洪水等災害態勢，調度廣東、廣西、海南、云南等省份，進一步安排部署重點地區防范應對工作。根據《國家防汛抗旱應急預案》，國家防總于5日15時提升防汛防臺風應急響應至二級，派出由應急管理部、水利部、交通運輸部和自然資源部四部門組成的國家防總聯合工作組分赴廣東、海南，協助指導防汛防臺風工作。

會商指出，臺風“摩羯”將以超強臺風級正面登陸粵瓊沿海，可能成為2014年以來登陸華南沿海的最強臺風，風雨潮浪極端性突出，破壞力極強，防汛防臺風形勢十分嚴峻。

會商要求，要全面落實海上防強風巨浪各項應對措施，廣東、海南等地要對海上風險進行再排查、再部署，進一步抓好海上安全管控和上岸人員安全管理，堅決做到“不漏一人、不落一船”。要細致做好陸上強風暴雨高潮各項防范工作，加密監測、滾動預報、提早預警、動態研判，落實預警響應聯動、預警“叫應”和跟蹤反饋措施，按照轉移避險“四個一律”要求，提前果斷轉移危險區群眾。加強高空構筑物、戶外廣告牌等錨固加固，落實旅游景區、在建工地、交通航線等關停管控措施，及時采取停工、停業、停產、停課、休市等非常措施。要在重點地區、關鍵部位提前布防搶險救援和通信電力等力量裝備，加強省內、省際間應急救援力量調配，堅持科學安全搶險救援，并統籌做好災后救助各項準備工作。

國家防總辦公室、應急管理部加強與海南、廣東、廣西、云南等重點省份溝通對接，共預置工程搶險力量2178人、裝備492臺套、直升機5架、社會應急力量659人；前置8套無人機通信平臺、10套370MHz移動站、40套窄帶自組網設備、575部對講機等通信裝備；協調工業和信息化部組織運營商前置做好公網通信保障工作。同時，加強與中國安能等相關中央企業、航空力量和社會應急力量溝通聯絡，在四川、貴州、福建等地落實工程搶險人員450人、220臺套裝備，直升機8架、翼龍 II 型無人機2架，社會應急力量200人全時備勤，做好跨區增援準備。